Die Gründung des Vereins entsprang zum einen aus der zu großen Aktivitas des katholischen Studentenvereins Germania-Hohentwiel, zum anderen aber auch aus der Idee, neue Formvorstellungen zu verwirklichen. So war der zu große Fuxenstall der Germania-Hohentwiel uneinig und in Gruppen gespalten, die Philister ließen kein Interesse an der Neugestaltung des Korporationszieles erkennen, so dass immer mehr Aktive nicht mehr für die Reorganisation der alten Verbindung waren, sondern einen neuen, ohne starre Tradition belasteten Verein für nötig hielten. Das Philisterium war größtenteils gegen die Teilung, die Aktivitas einstimmig dafür. Im Februar 1927 teilte der Verbandsrat mit, dass die Finanzierung der neuen Verbindung gesichert sei. In dieser Zeit entstand auch der Name „Neuenfels“ nach der Burg bei Britzingen. So konnte die Gründung endgültig in einer schönen Fensternische im Friedrichsbau am 12. Februar 1927 vollzogen werden.
Am 20. Januar 1934 wurden sämtliche studentischen Verbände mit sofortiger Wirkung dem Reichsführer NSDStB und DST, Dr. Oskar Stäbel, unterstellt, nachdem bereits 1933 das Führerprinzip eingeführt werden musste. Damit wurde das Verbindungsleben praktisch gelähmt. Die Lage wurde in der darauf folgenden Zeit kritischer, so dass der Hausbauverein am 1. November 1935 seine Auflösung beschloss. Die Stimmung in der Aktivitas war gedrückt. Dennoch wollte man sich nicht auflösen, solange der Verband bestand. Obwohl der Verband schon am 20. November 1935 aufgelöst wurde, nahmen die Neuenfels, Brisgovia und Rheno-Palatia die Semesterarbeit noch einmal auf. Im Sommer 1936 musste auch die Neuenfels sich dem Druck beugen. Es kam zur Auflösung des Vereins. Dennoch lebte Neuenfels weiter. Es gab aufgrund des durch die Zeit noch stärker gewordenen Zusammenhaltes der Bundesbrüder weiterhin inoffizielle Veranstaltungen. Im Sommer 1937 mussten dann auch die inoffiziellen Treffen eingestellt werden. Die Haltung der Neuenfelser in Bezug auf den Nationalsozialismus war spätestens zu diesem Zeitpunkt, bis auf wenige Ausnahmen, eindeutig ablehnend. Man leistete zu jener Zeit zwar keinen aktiven Widerstand, aber machte sich mit einer Politik der kleinen Nadelstiche in Parteikreisen unbeliebt.
Nach 16 Jahren ohne Neuenfels wurde im Februar 1953 überlegt, wie eine Reaktivierung des Vereins durchzuführen sei. Am 17. Mai 1953 trafen sich mehrere Alte Herren in Düsseldorf zu einem Convent und beschlossen die Reaktivierung. Germania-Hohentwiel stellte fünf Aktive und drei Inaktive für die Reaktivierung zur Verfügung. Am 25. Juli 1953 wurde der Reaktivierungsbeschluss auf dem Festkommers zum 56. Stiftungsfest der Germania-Hohentwiel vor etwa 250 Teilnehmern feierlich bekanntgegeben. So begann die Arbeit von Neuem im Wintersemester 1953/54.
Auf dem 30. Stiftungsfest im Sommer 1957 wurde vordringlich die Frage nach einem Neuenfelshaus erörtert. Am 35. Stiftungsfest stand dann fest, dass ein Grundstück für das geplante Neuenfelshaus in der Universitätsstraße gepachtet werden konnte. Im Sommer 1963 konnte dann endlich das Richtfest gefeiert und im Sommersemester 1964 die Hauseinweihung begangen werden.
Die Jahre 1968/69 brachten mit den Studentenunruhen und der „APO“ auch für Neuenfels schlechte Zeiten. Wie viele andere Vereine litt Neuenfels ebenfalls unter Mitgliedermangel und die wenigen aktiven Neuenfelser hatten ihre eigenen Vorstellungen vom modernen Verbindungswesen, das sich mit den Vorstellungen der Alten Herren kaum in Einklang bringen ließ. Tatsächlich herrschte noch nicht einmal in der Aktivitas Einigkeit darüber, wie die zukünftige Ausrichtung der Verbindung aussehen sollte. In einem Brief an den Philistersenior und die Altherrenschaft versuchte der damalige Aktivensenior den Konflikt zu entschärfen. Trotz dieser beschwichtigenden Geste wurde der Dissens zwischen Altherrenschaft und Aktivitas schließlich unüberwindbar und im Jahre 1970 sprach die Altherrenschaft die Suspension der Aktivitas aus.
Die Alten Herren hielten jedoch den Kontakt untereinander aufrecht. Nach den unruhigen Zeiten zwischen den 60er und 80er Jahren, in denen viele Freiburger Verbindungen praktisch nur eine „Notbesatzung“ hatten, erwachte bei den Studenten wieder das Interesse für Verbindungsleben. In diese Zeit fallen auch die ersten Reaktivierungsbemühungen. Diese wurden maßgeblich von den Neuenfelsern des Baden-Badener Ortszirkels „Fettquelle“ vorangetrieben. Im Jahre 1987 nahmen drei Aktive der Germania-Hohentwiel, drei Brisgoven und ein Kartellbruder von Rhenania Erlangen erste Reaktivierungsgespräche auf. Im Oktober 1987 fanden die ersten Gespräche mit der Altherrenschaft statt, worauf am 23. Oktober das erste offizielle Treffen der Aktiven mit der Altherrenschaft in Freiburg stattfand. Darauf folgte am 28. November 1987 der Reaktivierungsconvent mit anschließendem feierlichen Essen auf dem Dattler, und der Aktivenvorstand nahm die Semesterarbeit auf.
Bis 1997 wuchs die Zahl der Aktiven auf über dreißig. Dies wurde auch durch das große Engagement der Altherrenschaft ermöglicht, die den bisherigen Parkplatz neben dem Neuenfelshaus bebauen ließ, wodurch sich die Zahl der Zimmer mehr als verdoppelte und ein repräsentativer Konventsraum geschaffen wurde. Hierdurch konnten die besten Voraussetzungen für ein weiterwachsen der Verbindung geschaffen werden. Neben solch erfreulichen Entwicklungen musste die Neuenfels auch so manchen Verlust hinnehmen. Am 14.03.1998 verstarb nach langer Krankheit der Gründungssenior Neuenfels, Dr. Dr. Landolin Stulz, der seinem Verein das ganze Leben lang auf das Engste verbunden war und ohne den Neuenfels in der jetzigen Form nicht vorstellbar wäre. Als mit unserem Ehrenphilister Karl Hugo Härringer der letzte Aktive der Vorkriegsgeneration am 30.09.2008 entschlief, endete für die Neuenfels eine Ära, in der Bundesbrüder aus allen bewegten Zeiten ihres Vereins miteinander feiern und diskutieren konnten. Trotz dieser Verluste und der Schwierigkeiten, die das 21. Jahrhundert mit sich brachte, konnte sich die Neuenfels innerhalb der Freiburger Korporationen etablieren und blickt heute auf die längste fortlaufende Aktivenzeit zurück, seit ihrer Gründung 1927.